La chiesa, con l'annesso monastero, venne fondata nel 1314 da Bartolomeo di Capua protonotario del re Roberto d'Angiò, che su questo sito aveva un proprio palazzo. Nella nuova costruzione venne compresa l'antica edicola di Santa Maria di Alto Spirito. Nel 1588 il complesso subì un integrale rifacimento, che si protrasse fino alle soglie del XVIII secolo. La decorazione interna a stucchi e marmi si deve a Domenico Antonio Vaccaro, che vi lavorò a partire dal 1726. Nel 1843 la chiesa venne nuovamente ristrutturata da Gaetano Genovese, il quale eliminò gran parte della decorazione settecentesca. L'interno è a croce latina, con navata unica e cinque cappelle. Sul soffitto sono collocate tre tele raffiguranti Gloria di San Benedetto, San Benedetto e Santi Benedettini, opera del Vaccaro del 1728. Al medesimo artista si devono i pavimenti marmorei della navata e della sacrestia. Del 1656 è l'altare maggiore, realizzato in marmo e pietre dure da Dionisio Lazzari. Gli affreschi seicenteschi delle volte sono di Belisario Corenzio.

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