Nel 1811 Gioacchino Murat istituì il Museo Zoologico dell'Università e vi trasferì gran parte della collezione naturalistica dei Borbone nonché varie collezioni private. Il nucleo iniziale fu incrementato da Ferdinando I, che nel 1815 assegnò alla struttura i locali dell'attuale Biblioteca Universitaria. Da allora, zoologi ed anatomici comparati si sono succeduti alla guida del museo, apportando nuove collezioni, acquistate da privati o formate con esemplari raccolti in campagne naturalistiche. Il museo conobbe un periodo di splendore nei primi decenni di questo secolo. Durante l'ultima guerra mondiale, bombardamenti, occupazioni e vandalismo ne ridimensionarono il contenuto. Si deve al Salfi (periodo post-bellico) il recupero dell'esistente, operazione che consentì una temporanea apertura al pubblico. Problemi di statica e, soprattutto, lesioni conseguenti al sisma del 1980 hanno permesso solo riaperture temporanee. Durante questi anni è continuata l'acquisizione di nuovi preparati. Di recente, tutte le raccolte della parte ostensiva sono state revisionate e ordinate in modo da essere facilmente fruibili.

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